Třicetiletá válka
Když byl císař Matyáš s celým svým dvorem po tři dny prosince 1617 hoštěn v Litomyšli Polyxenou z Lobkovic, netušil ještě, že na jaře bude muset čelit českému povstání. 23. května 1618 vyhodili vzbouřenci z okna Pražského hradu císařovy místodržící, jeden z nich, zraněný Vilém Slavata z Chlumu a Košumberka, poté nalezl útočiště v domě Polyxeny.
Litomyšl si své radikální vypořádání se s rekatolizací schovávala až na další rok. V dubnu 1619 byl obrazoborecky vypleněn špitálský kostel a začal tu působit protestantský kazatel. V květnu byla v děkanském kostele zneuctěna hostie a v červnu došlo k nejvážnějšímu incidentu při pohřbu Matěje Kramáře. Dav tehdy vyplenil děkanský kostel, vtrhl na faru a ztýral děkana Daniela Hájka i jeho matku. Děkana prý vodili na řetězu a nechali ho ležet na ulici až po devíti hodinách, když si mysleli, že už je mrtev. Ale on se nakonec probral a uprchl do Svitav. Druhý den probíhalo pátrání po Hájkovi v okolí, v Litrbaších (Čisté) byl při tom zastřelen farář Pankrác.
České stavovské povstání skončilo neslavnou bitvou na Bílé hoře v listopadu 1620. V roce 1621 byli ze země vypovězeni nekatoličtí kněží (Hájek se do Litomyšle vrátil v lednu 1622 a dožadoval se zadostiučinění), lidé z Litomyšlska se ale dál účastnili tajných shromáždění a mnozí docházeli na bohoslužby na sousední panství Karla ze Žerotína. Roku 1627 bylo pro Čechy vydáno Obnovené zřízení zemské, podle kterého měli opustit zemi všichni protestanti (týkalo se to svobodných osob – poddaní museli konvertovat). Litomyšlští měšťané přestoupili ke katolictví naoko již koncem roku 1626. Šlo jim především o vrácení privilegií, která Polyxena měšťanům zabavila hned po Bílé hoře. Skutečnost se ukázala již o Velikonocích roku 1627, kdy Hájek čekal, že na bohoslužby přijde 6000 lidí, ale dorazilo jich jen 300 (tehdejší Litomyšl měla asi 2000 obyvatel).
V roce 1627 se panství konečně ujal Vratislav Eusebius z Pernštejna, který již dalšího roku dosáhl změny dosud zástavní držby Litomyšle v držbu dědičnou. S pojištěným vlastnictvím se pustil do reforem – především do přechodu na režijní hospodářství. Podnikání stála v cestě stará privilegia, proto v roce 1629 donutil měšťany vzdát se práva na vaření piva (formálně šlo o dohodu). Vratislav poté rozšířil zámecký pivovar, aby jeho produkcí zaplavil celé panství (každá obec měla předepsáno, kolik musí spotřebovat). V roce 1630 založil také velký dvůr Perštejn, kde museli sedláci ve zvýšené míře robotovat. Výrazně vzrostly i různé platy vrchnosti (např. tzv. ovčí úrok).
České povstání zažehlo plamen válečného šílenství, který zachvátil celou Evropu a vládl jí třicet let. Vratislav bojoval za zájmy svého panovníka a položil za něho život v roce 1631 v šarvátce se Švédy u německého Tangermünde. Litomyšl připadla jeho sestře Frebonii.
Prostí lidé museli vydržovat císařská vojska, která byla často ubytována v jejich domovech, a i když odtáhla pryč, museli za ním posílat proviant a peníze. V roce 1635 došlo k vážnému incidentu, když byli v Litomyšli umístěni jezdci plukovníka Lautersona. V hádce s vojáky byl zabit Jan Straka. Plukovník nechal popravit viníka, ale jeho druhové se pomstili zapálením města – 21. dubna vyhořelo 297 domů, 15 lidí zahynulo nebo bylo vážně zraněno. O dva dny později byl založen další požár, který zachvátil 18 ze zbývajících domů.
Nepřátelé se poprvé objevili až v roce 1639. V září přitáhly 4000 Švédů, které se utábořily na Hlavňově, císařští vojáci z města před nimi raději uprchli. Švédové požadovali výkupné, když dostali málo, odvedli jako rukojmí několik měšťanů do Hradce Králové. V dalších letech se švédské nájezdy opakovaly, čemuž pomohlo hlavně dobytí Olomouce v roce 1642. Lidé před drancujícími nepřáteli často utíkali do lesů.
Litomyšlskem dvakrát protáhla hlavní švédská armáda. V červnu 1643 tudy vedl Lennart Torstensson svých 18 000 mužů k Olomouci. Za nimi postupovali císařští Matyáše Gallase, kteří plenili stejně jako nepřítel. V říjnu 1645 se před Litomyšlí objevil Torstensson znovu. Stahoval se po neúspěšném obléhání Brna. Jeho vojáci rabovali, i když jim to velitel zakázal. Švédské výpady pokračovaly až do roku 1648 a to i krátce po uzavření vestfálského míru. Válka zapříčinila pokles počtu obyvatel v celé střední Evropě (více životů, než přímé vojenské akce, si vyžádaly šířící se nemoci a hlad). Také na Litomyšlsku zůstala řada stavení pustá. Ke zhoršení životních podmínek přispívaly i změny podnebí. Panující dlouhé zimy zavinily pokles zemědělské produkce.
Jedinou pozitivní změnou v té době byl příchod piaristického řádu. Frebonie je do Litomyšle pozvala v roce 1640. Piaristé byli novým školským řádem, který se zaměřoval na vzdělávání chudých chlapců, čímž konkuroval svým velkým rivalům – jezuitům, kteří se věnovali synům z bohatých rodin. Piaristé začali učit v domě na náměstí čp. 118 asi už v roce svého příchodu. Prostředky na svoji činnost dostávali od Frebonie i města. V roce 1641 byla zahájena stavba piaristických budov naproti zámku – v jedné řadě stála kolej, menší kostel a škola. Řádná výuka začala roku 1644 prozatímně v koleji, kterou o rok dříve stihli vyplenit Švédové. Piaristé se před nimi tehdy skrývali nejprve v zahradě a poté v lese nebo v hradebním příkopě (jejich představený tu ležel bez jídla a pití po dva dny).
Frebonie zemřela v roce 1646 a s ní vymřel i slavný rod Pernštejnů. Panství odkázala doživotně Václavu Eusebiovi z Lobkovic, ale ten jej již v roce 1649 postoupil dalšímu dědici – Maxmiliánu Trautmannsdorfovi, štýrskému šlechtici, hlavnímu z císařových diplomatů, kteří vyjednávali vestfálský mír.
Petr Chaloupka, Regionální muzeum v Litomyšli